重庆市国家保密局与中共重庆市委保密委员会办公室（市委保密委员会的常设办事机构）实行一套机构，两块牌子，既是指导全市各级党政机关保密工作的市委工作部门，又是市政府主管全市行政区域内保密工作的行政机构，由市委办公厅主管。

重庆市国家保密局（中共重庆市委保密委员会办公室）目前下设四个职能处：
（一）秘书处
       
（二）宣传法规处
       
（三）检查处
       
（四）技术处
       

市保密技术保障中心